A Lei nº 5899, de 3 de julho de 2017, autoriza a mudança do modelo de gestão administrativa do hospital, que passará a ser gerido pelo Instituto Hospital de Base do Distrito Federal (IHBDF), que será um serviço social autônomo, com estrutura jurídica semelhante à do Hospital Sarah Kubitschek. Esse modelo promove a autonomia do hospital e a descentralização administrativa, com desburocratização dos processos internos, principalmente aqueles relacionados a contratações de bens e serviços e à admissão de pessoal. O IHBDF contará com um Conselho de Administração composto de onze membros, todos nomeados pelo Governador do Distrito Federal, sem nenhuma participação do capital privado em sua estrutura decisória. Trata-se de uma forma mais moderna de gestão, em conformidade com a Constituição e com o entendimento do Supremo Tribunal Federal na ADI 1864, julgada em 2008.